Am 23. November 1802 erfolgte die Besitzergreifung Rottweils durch den Regierungsrat Weckherlin unter dem Schutz von 400 württembergischen Soldaten. Am gleichen Tag erschien Weckherlin auch in Rottenmünster, wo bereits 50 Soldaten stationiert waren. Weckherlin erklärte der versammelten Klostergemeinde, dass das Kloster und sein gesamter Besitz an den württembergischen Herzog Friedrich II übergeht. Die Geldkasse mit gerade mal noch 2020 Gulden wurde versiegelt und musste ausgeliefert werden.
Die Nonnen erhielten die Erlaubnis, im Kloster weiter zu leben. Keine der damals 33 Klosterfrauen verließ Rottenmünster, den Nonnen wurde vom württembergischen Staat ein Ruhegeld bezahlt. Neben freier Wohnung und Benutzung des Gartens wurde den Nonnen gestattet, die Klosterapotheke von Rottenmünster unter staatlicher Aufsicht weiterzuführen. Am 7. August 1803 besuchte Kurfürst Friedrich von Württemberg das ehemalige Kloster, besichtigte das Gotteshaus und sogar die Klausur der Nonnen.
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| Juliana Mayer, die letzte Äbtissin von Rottenmünster, regierte von 1796 bis 1802 |
Nach der Aufhebung des Klosters lebten die Nonnen noch Jahrzehnte zusammen in Rottenmünster, im Jahr 1809 lebten noch 28 Klosterfrauen (20 Chorfrauen und 8 Schwestern). Am 12. September 1819 feierte die greise Äbtissin Juliana Mayer ihr 50. Profess-Jubiläum. Im Jahr 1824 lebten nur noch zehn Chorfrauen und fünf Schwestern im Kloster. Am 16. Mai 1826 starb die letzte Äbtissin von Rottenmünster im Alter von 75 Jahren an einem Schlaganfall. Im Jahr 1838 waren nur noch zwei Chorfrauen und vier Schwestern am Leben. Als letzte Nonne Rottenmünsters blieb im Jahr 1850 die Chorfrau Franziska Gaupp aus Grundsheim (bei Ehingen an der Donau) übrig. Franziska Gaupp verließ am 24. März 1850 Rottenmünster und zog in ihren Geburtsort Grundsheim, wo sie im Alter von 86 Jahren am 11. Juni 1859 verstarb.
| Quellenangaben: | Frater Makarius Haller, Das alte Reichsstift Rottenmünster |